Выбор препарата основывается на тяжести состояния пациента. При лёгком и среднем течении болезни врачи назначают Метронидазол. Если клостридиальная инфекция протекает в тяжёлой форме, препаратом выбора становится Ванкомицин. При слабом воздействии на инфекцию по отдельности, применяется комбинация Метронидазол + Ванкомицин.
Антибактериальная терапия повторных заражений клостридией диффициле включает пульс - терапию Ванкомицином, с последующим двухнедельным курсом Рифаксимина или Фидаксомицина.
В клиническом рандомизированном контролируемом
исследовании трансплантации микробиоты при рецидивирующем C. difficile было продемонстрировано, что фекальная трансплантация (ТФМ) привела к излечению 81% пациентов. Повторные процедуры ТФМ повысили этот процент до 90%
Ванкомицин с промыванием кишечника показал результат у 31% пациента. Ванкомицин без промывания кишечника помог в 23% случаев лечения рецидивирующего C. difficile. Фекальная трансплантация показала себя предпочтительным методом лечения пациентов с множественными рецидивами инфекции, вызванной C. difficile.