У пациентов с рецидивирующей клостридиальной инфекцией применение метронидазола, ванкомицина или фидаксомицина перед фекальной трансплантацией следует проводить не менее 3 дней, с целью подавления обилия кишечного C. Difficile .
При показаниях, отличных от C.Difficile - ассоциированной диареи, например синдроме раздраженного кишечника или болезни Крона, нет убедительных данных, подтверждающих необходимость предварительной обработки кишечника антибиотиками. Хотя в индивидуальных случаях это потенциально может улучшить результаты от проведения ТФМ. Прием антибиотиков следует прекратить за 48 часов до процедуры ТФМ. В экстренных случаях, если введение фекальной микробиоты необходимо проводить по жизнеугрожающим показаниям, можно обойтись без промежуточной терапии антибиотиками.