В 1958 году доктор Бен Айземан
опубликовал статью, в которой говорится о четырех пациентах с псевдомембранозным энтероколитом, которые вылечились при помощи ТФМ. Двадцать пять лет спустя
опубликован первый случай лечения фекальной трансплантации для инфекции, вызванной C. difficile. Систематический обзор применения фекальной трансплантации против C. difficile показал, что 245 из 273 пациентов (89,7%) выздоровели после ТФМ.
Набирать обороты ТФМ начала после 2000-х годов, когда из - за широкого применения антибиотиков распространенность C.difficile начала расти, и рост смертности по причине этой инфекции увеличился.
Специалисты мировых медицинских центров обратили внимание на фекальную трансплантацию и стали использовать этот метод для лечения C. difficile. Основываясь на понимании того, что донорские фекальные микроорганизмы - это действующий компонент метода ТФМ, компания Seres Therapeutics перешла к III фазе клинических испытаний препарата SER‐109, который предназначен для лечения рецидивирующей C. difficile инфекции. SER‐109 представляет собой пероральный курс терапии ТФМ из четырех таблеток, изготовленный из 50 спорообразующих бактерий, извлеченных из человеческих фекалий.
В медицинских и научных центрах развитых стран ведутся исследования по изучению применения процедуры ТФМ в качестве лечения других болезней.
В Университете Аризоны проводятся исследования, изучающие применеие ТФМ при аутизме и связанных с ним симптомах. В Новой Зеландии исследование, возглавляемое Уэйном Катфилдом, исследует влияние ТФМ на потерю веса у людей с ожирением. В Онтарио, Канада, проведена серия исследований по ТФМ как возможно более эффективному лечению язвенного колита. На основе ТФМ разрабатываются препараты от биполярного расстройства, болезни Крона, болезни Паркинсона, Рассеяного склероза.