Благодаря проведённым испытаниям разработаны и протестированы различные протоколы ТФМ. Примеры включают использование одного ТФМ по сравнению с несколькими ТФМ в течение определенного периода времени; способ доставки (колоноскопия, назоеюнальная трубка, гастроскопическая инфузия или самостоятельное введение клизмы), введение с предварительным применением антибиотиков или без него или другая премедикация.
Испытания показали, что ТФМ относительно безопасна и более эффективна при лечении язвенного колита,
чем плацебо. Получено подтверждение, что фекальная трансплантация - эффективный способ лечения ВЗК с меньшим количеством побочных эффектов по сравнению с
биологической терапией, которая действует против иммуннитета.